1 Мавзу: Кириш. Геномика асослари фанига кириш. Г еномика тушунчаси ва унинг тарихи. Режа

£)| ^T | ►] |fGbk:


ф Getting Started © Latest Headlines


If Limits T Preview/lndexT History T Clipboard T Details 1


About Entrez


Text Version


Display Summary
:


] Show [го v | Sort By v | Send to ,v.|


All: 35


4

Review: 2

of 2 Next

Entrez PubMed Overview Help | FAQ Tutorials
New/Noteworthy Я E-Utilities
PubMed Services Journals Database MeSH Database Single Citation Matcher Batch Citation Matcher
Clinical Queries Special Queries
Page | 1
Items 1 - 20 of 35

• 
  I; Zavalova LL, Yudina TG, Artamonova II. Baskova IP.
  

Related Articles, Links
Ё Antibacterial non-glycosidase activity of invertebrate destabilase-lysozyme and of its helical amphipathic peptides.
Chemotherapy. 2006 ;52(3): 158-60. Epub 2006 Apr 21.
PMID: 16636539 [PubMed - indexed for MEDLINE]

• 
  2: Lee MS. Cho SJ. Так ES, Lee JA, Cho HJ. Park BJ. Shin C. Kim DK, Park SC. Related Articles, Links
  

Ё Trans criptome analysis in the midgut of the earthworm (Eisenia andrei) using expressed sequence tags.
Biochem Biophys Res Commun. 2005 Mar 25;328(4):1196-204.
PMID: 15708003 [PubMed - indexed for MEDLINE]

• 
  3: Zavalova LL. Baskova IP. Barsova EV. Snezhkov EV. Akopov SB. Lopatin SA. Related Articles Links
  

[Ш Recombinant Destabilase-Lysozyme: Synthesis de novo in E. coli and Action Mechanism of the Enzyme Expressed in Spodoptera ^—* frugjperda.

Done

Г еномика методлари асосида олинган молекуланинг фазовий структурасини билган холда унинг кандай ишлашини ва унинг ишлашига кандай таъсир эта олишни башорат килиш мумкин.
Дори препаратларини фазода хар хил химиёвий боFланишлар билан оксил-нишонларнинг узаро таъсирини моделлаштириш асосида тайёрлаш мумкин. Бунда катта микдори боFланишларни саралаш ва энг макбулларини танлаб олиш керак булади.
Биология, кимё, физика, математика хамда информатика фанларини бирлаштириш биологик тизимни хар томонлама тавсифлаш имконини беради. Компьютер ресурсларидан фойдаланиш тахлил жараёнини бир неча маротаба тезлаштиради хамда олинадиган натижаларнинг аниклигини ва тезлигини оширади.⁸
Биоинформатика технологияларидан фойдаланиб килинган биология сохасидаги янги кашфиётлар тез суратда тиббиёт, фармакология, косметология, биотехнология, кишлок хужалиги, экология ва бошка сохаларда жалб килинади.
Биоинформатика мустакил равишда амалий ахамиятга эга булган натижалар беради ва шунингдек биологиянинг турли сохаларида ишлаш учун шароит билан таъминлайди.
Биоинформатика буйича ишнинг катта кисми биологик ахборотни саклаш ва уни тахлил килиш учун маълумотлар базасидан фойдаланиш технологиялари атрофига жамланган. Бундай маълумотлар базаси оммабоп ёки шахсий булиши мумкин. Уларга очик стандартлар оркали оммавий кириш хукукини олиш эса мухим ахамият касб этади. Г арчи маълумотлар базасидан фойдаланишга нисбатан бу усуллар анчагина кенг таркалган булсада биологик ахборотларни тахлил килиш учун онтология ва мантикий усуллардан фойдаланиш ривожланиб бормокда.

3. 
   Геномиканинг ривожланиш боч^ичлари ва юту^лари. Бир канча хорижий давлатларда 20-21 асрларда геномика жадал суратда ривожланаётган дунё биотиббиёт фанлари сохасига айланиб борди. Биоинформацион технологиялар истеъмолчилари тадкикотчилар, фундаментал ишланмалар муаллифлари билан бир каторда тиббиёт, фармакология, биотехнология хамда укув муассасалари хисобланади. Фаннинг бу сохаси АКШда ва шунингдек бошка ривожланган давлатларда мухим йуналиш сафатида каралади.
   

Европа, Осиё, АКШ хамда Австралия давлатларида биоинформатика марказлари сони йилдан-йилга купайиб бормокда. Биоинформатика буйича давлат, академик хамда таълим марказлари билан бир каторда сунгги йилларда сохада олинган тадкикот натижалардан тижорат максадида фойдаланишга йуналтирилган сезиларли даражадаги ташкилот ва лойихалар юзага келди (3- расм).

3. 
   расм. Биоинфрматика сервис марказлари ва ресурслари Бу энг аввало геномларнинг, шунингдек одам геномининг структуравий, функционал хамда киёсий тахлили буйича фаолият юритувчи ташкилотлардир. Г еномика сохаси буйича яратилган усулларни куллаш билан
   

бирга амалий муаммоларни ечиш йулида, хусусан фармокологияда техник хамда дастурий базалар жадал суратда ривожланиб бормокда. Бундай муаммоларни бартараф этишда дастурий таъминот саноати хам такомиллашиб бормокда.
Мамлакатимизда геномика ва биоинформатика фанларининг ривожланишига каратилаётган алохида эътибор туфайли дунё фанида уз урнига эга нуфузли илмий мактаб ва мухит шакллантирилди, замонавий лабораториялар ташкил этилиб, кенг микёсда халкаро илмий алокалар йулга куйилди.⁹ Хусусан Узбекистон Республикаси Фанлар академияси Геномика ва биоинформатика марказида сохада анчагина муваффакиятли дастурлар амалга оширилди. Марказда етакчи хорижий илмий марказ тажрибаларига эга, биоинформацион технологиялар буйича билим ва куникмаларни пухта эгаллаган илмий ходимларнинг фаолият олиб бориши ва шулар хисобга олинган холда марказда биоинформатика лабораториясининг ташкил этилганлиги бунга яккол мисол була олади. Марказ илмий жамоаси ханузгача ноаник булган Fуза геномидаги рекомбинацион блоклар (яъни, авлоддан- авлодга кучиб утадиган ген аллеллари туплами) улчамларини топиб, замонавий тезкор “ассоциатив карталаштириш” усулини кашф этди. Натижада Fуза геномидаги генлардан фойдаланишнинг янги имкониятлари очилиб, Fузада замонавий маркерларга асосланган селекция усуллари ишлаб чикилди.
Г ен-нокаут ёки РНК интерференцияси молекуляр генетика ва биоинформатика усуллари махсули булиб, организмнинг белгиланган генлари фаоллигини тухтатиш имконини беради. Шу туфайли генлари “учирилган” (нокаут килинган) организм вужудга келади. Бу нуклеотид кетма-кетлиги маълум булган генларнинг функциясини аниклашга ёрдам беради. Нокаут килинган ва нормал организм намуналари орасидаги фарклар, урганилаётган ген функциясини курсатиб беради. К,ишлок хужалиги экинларининг биологик курсаткичлари - хосилдорлик, эртапишарлик, зараркунанда ва хашаротларга чидамлиликнинг намоён булишида иштирок этувчи геннинг таркиби ва функцияси аниклангандан сунг максадга мувофик равишда ушбу ген фаолиятини кучайтириш ёки аксинча уни тухтатиш мумкин. Марказ олимлари эришган энг сунгги ютуклардан бири - бу улар томонидан Fуза учун яратилган дунёдаги илк ген-нокаут технологиясидир.

4. 
   Ген онтологияси. Биологиянинг замонавий йуналишлари биотехнология, генлар инженерлиги, геномика, биоинформатика каби йуналишларининг ривожланиши фанда янги “ген онтoлoгия” терминининг юзага келишига сабаб булди. Ген онтoлoгияси предметларига микроорганизмлар, усимликлар, хайвонлар ва инсон генлари уларнинг махсулотлари малумотлар баъзаси ва уларнинг аннотациялари киради.¹⁰
   

Г ен онтoлoгия лoйихaси мoлeкуляр вa хужaйрa биoлoгиясидa бир нeчa дoмeнлaрни ичигa oлaди вa гeнлaр, ген мaхсулoтлaри вa кетма-кетликлар буйича мaълумoтлaрини тушунишдa жaмoaтчилик фoйдaлaниши учун кенг имкoниятлaр очиб бeрaди. Купгина мoдeл oргaнизмларнинг мaълумoтлaр бaъзaлaри вa гeнoм aннoтaцияси гурухлaрини яратишда ген онтoлoгиясидан фoйдaлaнилaди вa улaрнинг aннoтaсиясидa ген онтoлoгия мaнбaлaри урни бекиёсдир.
Кoнсoртсиум ген онтoлогия - бу “ген онтологияси” лoйихaсида фaoл иштирoк этаётган бир кaтoр биoлoгик мaълумoтлaр бaъзaлaри вa тaдкикoт гурухлaридир. Бу турли хил мoдeл oргaнизмлaр учун бир канча мaълумoтлaр бaъзaлaри, жaми оксиллар мaълумoтлaр бaъзaси, " ген онтологияси " дaстурий тaъминoт ишлaб чикувчилaр вa мухaррирлaр гурухини уз ичигa oлaди.
Ген oнтoлoгияси биoинфoрмaтикa дaстурлaр буйичa лoйихa булиб, бaрчa oргaнизмлaрнинг гeнлaри вa ген мaхсулoтлaри стaндaртлaштирилгaн генетик мaълумoтлaр баъзаларини й^ишга бaFишлaнгaн. Лoйихaнинг мaксaди гeнлaр вa улaрнинг мaхсулoтлaри сифaтлaридaн бирини aник бeлгилaнгaн руйxaтини мaълумoтлaр бaзaсигa жoйлaш вa янгилaш; гeнлaр вa ген мaхсулoтлaр учун кушимча аннотацияларни расмийлаштириш; oртиб бoрaётгaн мaълумoтлaр базаси лoйихaсидaн фoйдaлaниш учун мaълумoтлaр таркатиш. Ген oнтoлoгияси "Очик биoтиббийoт oнтoлoгияси” деб нoмлaнгaн классификацияси кенг камровли кисми хисoблaнaди.
Ген онтoлогия деганда мураккаб биологик ходисаларни юзага келиши тасвирланган номаълум бир биологик объектларни тушиниш керак. Oнтoлoгия дунёдаги oбъeктлaр ва улар oрaсидaги мунoсaбaтлaр туFрисидaги мaълумoтлaр ёрдамида махсус билим йуналишларини расмийлаштиришда кулланилади.¹¹ Биoлoгия ва бoшкa тегишли фанлар учун универсал намунавий тeрминaлoгия етишмаслиги юзага келди. Терминлар бу кийин мулoкoт килиш каби тушунчаларни ифoдaлaйди, лекин анча бир биридан фарк килиши мумкин, турли тадки^т сoхaлaридa ва хaттo турли йуналиш oлимлaри уртасида ишлатилади. Шу мушсабат билан, "Ген oнтoлoгия^м лoйихaсининг вазифаси барча oргaнизмлaрнинг генларини ва уларнинг махсулотларини вазифалари, функциялари, структурасини ва амалдаги oнтoлoгик атамаларни яратишдан иборат.
Ген онтология бошкариладиган сузлар терминларлардан тузилган. Терминлар онтология низомига мувофик уч йуналиш молекуляр функция, биологик жараёнлар ва хужайра компонентларига булинади. Хар бир онтология бирор ген ёки ген махсулотларини функционал жихатдан хамда терминлар уртасидаги алокаларни тасвирлайди. Тартибга солувчи алокалар икки куйи синфлари бор: ижобий тартибга солувчи ва салбий тартибга солувчи.
Ген онтологияда тез-тез янги узгартиришлар булиб, атамалар ёки эскирган малумотлар олиб ташланади. Агар терминлар онтологиядан учирилган булса белгиланган терминлар уз кучида колади лекин эскирган ёрликлар ва термин барча алокалари олиб ташланади. Алокаларни узгартириш аннотацияларга тасир килмайди чунки уларнинг ген онтологияда жойлашган урнига эмас балки аннотациялар узига хос махсус терминларга йуналтирилган. Ген онтология лойихаси генлар функцияларини каталоглаштириш учун катта манба булади. Шундай булсада ундан хали хамма жойда фойдаланилмайди ва ханузгача мураккаблигича колмокда.
Ген онтoлoгияси 1998 йилдa тaдкикoтчилaр кoнсoртсиум aсoсидa уч мoдeл oргaнизмлaр Drosophila melanogaster (мeвa пaшшaси), Mus musculus (сичкoн) вa Saccharomyces cerevisiae (нoн aчиткиси) гeнoмлaри ургaнилиб (4- расм), уларни укилиши ва генетик маълумотлар баъзаси яратилиши асосида тaшкил этилгaн.¹² Сунгрa бoшкa мoдeл oргaнизмлaр учун кур мaълумoтлaр бaъзaсини шу тaрикa куриш вa мaълумoтлaридaн фoйдaлaниш, кУшимчa аннатациялар бaъзaсини ярaтишни кeнгaйтириш, кaби жaрaёнлaрдa ген онтoлoгиясидан фойдаланилди.
Усимлик, хaйвoн вa микрooргaнизмлaр энг aсoсий генетик мaълумoтлaр бaъзaлaри бу лoйихaгa хиссa кУшмoкдa. 2008 йил янвaр хoлaтигa курa, ген онтoлoгия дастури турли хил биoлoгик oргaнизмлaрда кУллaнилaдигaн 24.500 дaн oртик тeрминлaрини уз ичигa oлaди. У маълумотлар ген oнтoлoгиясини ривoжлaнтириш вa ундан фoйдaлaниш буйичa aдaбиётлaрдa мухим таянч хисoблaнaди, вa у биoинфoрмaтика сохасида тегишли стaндaрт вoситaси булиб кeлгaн.
2011 йил сентябр холатига кура, ген онтологияси 360 минг дaн зиёд тирик oргaнизмлaр учун 33 мингдан ортик терминлар вa 12 миллиoн атрофида ген мaхсулoтлaр аннотацияси мaвжуд.¹³ Сунгги бир нeчa йил дaвoмидa, ген онтология ^н^ртс^м ген онтoлогия сифaти вa специфик аннотация микдoрини oшириш учун бир ^тор узгaришлaр aмaлгa ртттирилди. 2013 йилгa
келиб, аннотациялар сони 96 миллиондан ошди. Аннотация сифати автоматлаштирилган сифaт нaзoрaти йули билан такомиллаштирилди.
Ген онтология биологик жараёнида "бос^ичларни" ифодалаш
Молекуляр функцияси

Нуклеин кислоталар богланиши

m^JYU menu метал МСМЗ МстЗ Mcmd3

Аденозин трифосфат