5-mavzu. Strukturaviy va funksional genomika Reja

5-mavzu. Strukturaviy va funksional genomika
Reja

1. 
   Genlarni va ularning funksiyalarini aniqlash usullari.
   
2. 
   Genlar ekspressiyasi va uning asosiy bo’g’inlari, Real-time PCR ma’lumotlarini kompyuterda tahlil qilish.
   
3. 
   Transkriptomika, transkripsiya faktorlari, oqsillar polimorfizmi.
   
4. 
   Oqsil folding, molekulyar shaperonlar, genomning regulyator, transkripsiya, translyasiya qismlari.
   

Strukturaviy genomika ma’lum genom tomonidan kodlangan har bir oqsilning uch o’lchamli tuzilishini tasvirlashga yo’naltirilgan genomikaning bir tarmog’idir. Eksperimental’ va modellashtirish metodlarining kombinatsiyasi qo’llaniladi. Strukturaviy genomikaning an’anaviy strukturaviy prognozdan asosiy farqi shundaki, strukturaviy genomika bitta proteinga e’tibor qaratish o’rniga genom tomonidan kodlangan har bir oqsilning tuzilishini aniqlashga harakat qiladi. To’liq genom ketma-ketliklari mavjud bo’lganda, eksperemental va modellashtirish metodlarining kombinatsiyasidan foydalangan holda genom strukturalarni aniqlash tezroq amalga oshirilishi mumkin, ayniqsa ko’p sonli tartibli genomlar va ilgaridan funksiyasi aniq oqsil tuzilmalarning mavjudligi olimlarga oldingi gomologlarga asoslanish imkonini beradi.

Proteinning tuzilishi funksiyasi bilan chambarchas bog’liq bo’lganligi sababli, strukturaviy genomika oqsil funksiyasini bilish imkonini beradi. Proteinning funktsiyalarini tushuntirishdan tashqari strukturaviy genomika oqsilning yangi egilmalarini identifikatsiya qilish va dori moddalarni kashf qilish uchun potensial maqsadlarni aniqlashga ham xizmat qiladi.
Strukturaviy genomika oqsil strukturasini aniqlash uchun genomning to’liq tugallangan ketma-ketliklarini bir necha usulda ishlatadi. Masalan, noma’lum oqsil va strukturasi aniqlangan oqsil tuzilishi o’rtasidagi muvofiqliklarga tayanadigan, modellashtirishga asoslangan yondashuvlardan foydalanishi mumkin.
Strukturaviy genomika protein tuzilmalarini aniqlash uchun bir necha usullar bilan to'liq genom ketma-ketligini ishlatadi. Maqsadli oqsilning gen ketma-ketligini ma'lum ketma-ketlik bilan solishtirish mumkin va keyin strukturaviy ma'lumotni ma'lum proteinning tuzilishidan xulosa qilish mumkin. Strukturaviy genomika noma'lum protein va hal qilingan protein tuzilishi o'rtasidagi moslikka tayanadigan modellashtirishga asoslangan yondashuvdan foydalanishi mumkin.