Berilgan vazifa belgilangan muddatda elektron hamda qog’oz shakllida topshirilishi kerak. Algoritmni tasvirlash usullari Maqsad

Usullari
 
Strukturaviy tekislash texnikasi alohida tuzilmalar yoki inshootlar to'plamlarini taqqoslashda hamda har bir juft tuzilmalar orasidagi farqni o'lchaydigan "barchaga" taqqoslash ma'lumotlar bazalarini ishlab chiqarishda ishlatilgan. Protein ma'lumotlar banki (PDB). Bunday ma'lumotlar bazalari oqsillarni ular bo'yicha tasniflash uchun ishlatiladi katlama.
DALI

SSAP-da hisoblangan atomdan-atom vektorlarining tasviri. Ushbu vektorlardan bir qator vektor farqlari, masalan, Protein 1 tarkibidagi (FA) va Protein 2 ichidagi (SI) hosil bo'ladi. Ikkala ketma-ketlik matritsaning ikkita o'lchamiga chizilgan bo'lib, ikkita oqsil o'rtasidagi farq matritsasini hosil qiladi. Dinamik dasturlash mumkin bo'lgan barcha farq matritsalariga tegmaslik mahalliy tekislash yo'llarining bir qatorini qurish uchun qo'llaniladi, so'ngra yig'ilish matritsasini hosil qilish uchun yig'iladi, bu erda dinamik dasturlashning ikkinchi bosqichi amalga oshiriladi.
Keng tarqalgan va ommalashgan strukturaviy tekislash usuli DALI yoki masofaviy matritsali ALIgnment usuli bo'lib, u kirish tuzilmalarini geksapeptid qismlariga ajratadi va ketma-ket bo'laklar orasidagi aloqa naqshlarini baholash orqali masofa matritsasini hisoblab chiqadi.^[21] Ikkilamchi tuzilish matritsada ketma-ket tutashgan qoldiqlarni o'z ichiga olgan xususiyatlar paydo bo'ladi asosiy diagonali; matritsadagi boshqa diagonallar ketma-ketlikda bir-biriga yaqin bo'lmagan qoldiqlar orasidagi fazoviy kontaktlarni aks ettiradi. Ushbu diagonallar asosiy diagonalga parallel bo'lsa, ular ko'rsatadigan xususiyatlar parallel bo'ladi; ular perpendikulyar bo'lganda, ularning xususiyatlari antiparallel bo'ladi. Ushbu vakillik xotirani zich qiladi, chunki kvadrat matritsadagi xususiyatlar asosiy diagonalga nisbatan nosimmetrik (va shuning uchun keraksiz).
Ikki oqsilning masofa matritsalari taxminan bir xil pozitsiyalarda bir xil yoki o'xshash xususiyatlarga ega bo'lganda, ularning ikkinchi darajali tuzilish elementlarini bir-biriga bog'laydigan uzunlikdagi ilmoqlar bilan o'xshash burmalar mavjud deb aytish mumkin. DALI ning haqiqiy tekislash jarayoni ikkita oqsilning masofa matritsasi tuzilgandan so'ng o'xshashlikni izlashni talab qiladi; bu odatda 6x6 o'lchamdagi bir-birining ustiga chiqib ketadigan submatrisalar orqali amalga oshiriladi. So'ngra submatriks o'yinlari standart ballarni maksimal darajaga ko'tarish algoritmi orqali yakuniy moslashtirishga o'rnatiladi - DALI ning asl versiyasida Monte-Karlo taxminiy mos keladigan atomlar orasidagi masofaning funktsiyasi bo'lgan strukturaviy o'xshashlikni maksimal darajaga ko'tarish uchun simulyatsiya. Xususan, mos keladigan funktsiyalar doirasidagi uzoqroq atomlar, pastadir harakatchanligi, spiral burilishlari va boshqa kichik strukturaviy o'zgarishlarni keltirib chiqaradigan shovqin ta'sirini kamaytirish uchun eksponent ravishda past vaznga ega.^[20] DALI hammaga masofa matritsasiga tayanganligi sababli, taqqoslanayotgan ikkita ketma-ketlik ichida tizimli ravishda hizalanadigan xususiyatlar har xil tartibda paydo bo'lishi mumkinligini hisobga olishi mumkin.
Ma'lumotlar bazasini yaratish uchun DALI usuli ham ishlatilgan FSSP (Proteinlarning tuzilishi-tuzilishi bo'yicha uyg'unlashuvi asosida katlama tasnifi yoki tuzilishga o'xshash oqsillarning oilalari), unda ma'lum bo'lgan barcha oqsil tuzilmalari o'zlarining strukturaviy qo'shnilarini aniqlash va katlamini tasniflash uchun bir-biriga to'g'ri keladi. Bor qidiriladigan ma'lumotlar bazasi DALI asosida, shuningdek yuklab olinadigan dastur va veb-qidiruv DaliLite nomi bilan tanilgan mustaqil versiyaga asoslangan.