|
2.2. PDB - protein ma’lumotlari banki.
Protein ma’lumotlari banki (PDB) 1971 yil oktyabr oyidaprotein data bane Nature New Biologiyada Kembrij Kristallografik Ma’lumotlar Markazi, Buyuk Britaniya va Brukxaven Milliy Laboratoriyasi, AQShdagi qo‘shma korxona sifatida e’lon qilindi. U eksperimental ravishda aniqlangan protein tarkibidagi barcha ma’lumotlarning markaziy arxivi sifatida tashkil etilgan. Bugungi kunda PDB xalqaro miqyosda Protein Ma’lumotlar Banki (WPPDB) nomi bilan tanilgan xalqaro konsorsium tomonidan yuritiladi. WWPPDBning vazifasi makromolekulyar tarkibiy ma’lumotlarning yagona arxivini yaratishdir.
Ushbu veb saytga odatda rentgen kristallografiyasi,NMR pektroskopiyasi va krioelektron mikroskopiya usullari orqali olingan, dunyoning turli mamlakatlari biolog va kimyogarlar tomonidan taqdim etilgan ma’lumotlar kirishi mumkin (PDBe, PDBj, RCSB, va BMRB). PDB butun dunyo bo‘ylab oqsil ma’lumotlari banki deb nomlangan tashkilot tomonidan nazorat qilinadi. PDB global arxivini yagonalashtirish maqsadida bir harakat PDBe (Buyuk Britaniya), PDBj (Yaponiya), va BMRB (AQSh) bazalari hamkorlikda ish olib borishadi (35-rasm).
PDB arxivi har hafta yangilanadi va ma’lumotlarni foydalanuvchilarga bepul taqdim etiladi. Taqdim etiladigan xizmat turlari ko‘p jumladan:
Kristallografik ma’lumotlar bazasi
Protein tuzilishi
Protein tarkibini bashorat qilish
Protein tuzilishi ma’lumotlar bazasi
PDBREPORT PDB tuzilishidagi barcha anomaliyalarni ko‘rsatadi
PDBsum - boshqa ma’lumotlar bazalaridan foydalanadi
Proteopedia - bu molekulalarning 3D entsiklopediya tipida ko‘rsatadi.
Protein ma’lumotlari banki (PDB) arxivi yirik biologik molekulalarning 3D tuzilmalari, shu jumladan oqsillar va nuklein kislotalar to‘g‘risidagi ma’lumotlarning dunyo miqyosidagi yagona omboridir. Omborda barcha organizmlarnig, shu jumladan bakteriyalar, zamburug‘lar, o‘simliklar, umrtqasizlar, boshqa hayvonlar va odamlarda mavjud bo‘lgan hayot molekulalari, molekulalar strukturalarining mayda oqsillar va DNK mayda bo‘laklaridan tortib, murakkab molekulalarga qadar ma’lumotlari jamlanadi.
PDB dunyo bo‘ylab xalqaro foydalanuvchilar jamoasiga ega bo‘lib, keng soha vakillarini strukturaviy biologiya, biokimyo, genetika, bioinformatika, farmakologiya, media yozuvchilar, rassomlar, kabi sohalarda o‘z ichiga oladi. Nuklein kislotalari tadqiqotlari 2000, har doim eng ko‘p nashr etilgan ilmiy nashrlardan biridir. Clarivate Analytics tomonidan 2017 yilda o ’tkazilgan bibliometrik tahlili dunyo bo‘ylab PDB tomonidan yuqori sifatli izlanishlarni ko‘rsatmoqda. Iqtibosli maqolalar biologiya va biokimyo, kompyutershunoslik, o‘simlik va hayvonot fanlari, fizika, atrof-muhit, ekologiya, matematika va geografiya kabi 16 ta ilmiy sohada dunyo bo‘yicha o‘rtacha ko‘rsatkichdan oshib ketdi. RCSB PDB ma’lumotlari va xizmatlaridan foydalanish qiymati har yili 5.5 milliard dollarga baholanmoqda. Ushbu saytlar kuniga 24 soat, haftada yetti kun xizmat ko‘rsatadi.
Kembrijning tarkibiy ma'lumotlar bazasi (CSD) - bu ham ombor, ham ning uch o'lchovli tizimli ma'lumotlari uchun tasdiqlangan va aniqlangan manbadir molekulalar odatda kamida o'z ichiga oladi uglerod va vodorod, keng doirani o'z ichiga oladi organik, metall organik va organometalik molekulalar. Muayyan yozuvlar boshqasini to'ldiradi kristallografik ma'lumotlar bazalari kabi Protein ma'lumotlar banki (PDB), Anorganik kristalli tuzilish ma'lumotlar bazasi va Xalqning diffraktsiya ma'lumotlari markazi. Odatda tomonidan olingan ma'lumotlar Rentgenologik kristallografiya va kamroq elektron difraksiyasi yoki neytron difraksiyasiva tomonidan taqdim etilgan kristalograflar va kimyogarlar butun dunyo bo'ylab, Internetda CSD bosh tashkilotining veb-sayti (CCDC, Repository) orqali erkin foydalanish mumkin (mualliflar topshirganidek).[1]). CSD ni notijorat tashkiloti tomonidan nazorat qilinadi Kembrij kristallografik ma'lumotlar markazi, CCDC.Entsiklopediya site:uz.wikisvo.ru
Xulosa.
Xulosa qilib aytganda PDB dunyo bo’ylab xalqaro foydalanuvchilar jamoasiga ega bo’lib, keng soha vakillarini strukturaviy biologiya, biokimyo, genetika, bioinformatika, formakplogiya, media yozuvchilar, rassomlar kabi sohalarni o’z ichiga oladi.
Nuklein kislotalari tatqiqotlari 2000, har doim eng ko’p nashr etilgan ilmiy nashrlardan biridir. Clarivate Analytcs tomonidan 2017-yilda o’tkazilgan biblometrik tahlil dunyo bo’ylab PDB tomonidan yuqori sifatli izlanishlarni ko’rsatmoqda. Iqtibosli maqolalar biologiya va biokimyo kompyutershunoslik, o’simlik va hayvonot fanlari, fizika, atrof muhit, ekologiya, matematika, va geografiya kabi 16 ta ilmiy sohada dunyo bo’yicha o’rtacha ko’rsdatkichdan oshib ketdi. RCSB PDB ma’lumotlari va hizmatlaridan foydalanish qiymati har yili 5.5 milliard dollorga baholanmoqda. Ushbu saytlar kuniga 24 soat, haftada 7 kun xizmat ko’rsatadi.
E'tibor bering, Protein ma'lumotlar bankining rentgen tuzilmasida ubikuitinning vodorod atomlari mavjud emas. Buning sababi shundaki, rentgen kristallografiyasi odatda vodorod atomlarini aniqlay olmaydi. Siz psfgen bilan birga yaratadigan pdb fayli, psf bilan birga, strukturaning vodorod atomlari uchun taxmin qilingan koordinatalarni o'z ichiga oladi. Keyinchalik, oqsilni energiyani minimallashtirish ularning pozitsiyalarini oqilona bo'lishini ta'minlaydi.
Do'stlaringiz bilan baham: |
