Маъруза мавзуси 10-мавзу. Секвенирлаш – днкнинг бирламчи нуклеотидлар кетма-кетлигини аниқлаш. Нуклеотидлар кетма-кетлиги асосида организмларни идентификация қилиш

BLAST ишлаш принципи. BLAST сериясидаги дастурлар маълум қисмлардаги кетма-кетликни солиштириш учун маҳаллий тўғирлаш олиб боради. Нуклеотид ёки аминокислоталар кеима-кетлиги BLAST серверига келгандан сўнг, BLAST хамма қисмлар (оқсиллар учун бу 3 аминокислотадан иборат кетма-кетлик қисми, нуклеин кислоталар 11 нуклеотидлардан иборат) ва ўхшаш қисмлар жадвалини тузади. Кейин маьлумотлар базасида қидирув амалга оширилади ва гомологлар топилганда уларнинг ўлчам қисмлари узайтирилади (4 ва ундан ортиқ аминокислота, 12 ва ундан ортиқ нуклеотидлар) аввал оралиқсиз, кейин орлиқлардан фойдаланилган холда. Хамма мумкин бўлган ўлчам қисмлари узайтирилгандан сўнг, малумотлар базасидаги янада гомологик кетма- кетлик жуфт тўғирланади ва олинган маьлумот SeqAlign структурасида қайд қилинади.
Ўрганилаётган кетма-кетлик ва BLAST малумотлар базасидаги кетма-кетлик ўхшашлиги даражаси ва ахамиятини аниқлаш мақсадида Max ident (максимал ўхшашлик), Query coverage (сўров қамрови майдони) ва Е қиймат (expected value, E-value) (кутилган қиймат) дан фойдаланилади.


Blastn дастури ёрдамида кўп маротабалик тўғирлашни ўтказиш

1. 
   BLAST дастури сахифасига киринг: http://www.ncbi.nlm.nih.gov/blast/Blast.cgi.
   

BLAST асосий саҳифаси очилишида тепа қисмда 4 та иловали асосий меню бор:

• 
  Home – уй саҳифасиги қайтиш учун илова.
  
• 
  Recent Results – 36 соат ичида қилинган қидирув натижаларини очиш учун илова.
  
• 
  Saved Strategies – сизнинг шахсий сахифангизда«My NCBI» қидирув натижасидан сўнг сақланган илова.
  
• 
  Help - BLAST дастурида хужжатлар билан ишлаш учун каталогга ўтиш иловаси.
  

2. 
   Асосий менюда Basic Blast графасидаги «nucleotide Blast» дастурини тангланг.
   
3. 
   Кетма-кетликни киритиш ойнасига FASTA форматида Enter Query Sequence киритинг. Намуна натижасида 18S рРНК қисми нуклеотид кетма-кетлигини танлаймиз.
   
4. 
   Choose Search Set → Others → Nucleotide collection (nr/nt) параметрини тангланг.
   
5. 
   Program Selection графасида somewhat similar sequences излаш алгоритмини танланг.
   
6. 
   BLAST тугмасини босинг.
   

Ўтказилган таҳлилга биноан, фойдаланилаётган 18S рРНК гени кетма-кетлиги асосидаги таҳлил натижаларига кўра бу Pseudonapaeus sogdiana (ген 18S рРНК, KU760758) деб идентификация қилиш мумкин, лекин 98 % ўхшашлик асосида (максимал идиентификация -98 %, сўровни амалга ошириш области – 90%, E value - 0.0)



BLAST асосий ойнаси.



7 расм. Нуклеотидлар кетма-кетлиги таҳлили BLAST ойнаси.


Қуйида 8, 9 и 10 расмларда натижалар таҳлили келтирилган.





8 расм. BLAST дастури иши график натижалари



Рис. 9. BLAST дастури матн шаклидаги натижалари



10 расм. Ўрганилаётган нуклеотидлар кетма кетлиги ва малумотлар базасидаги кетма-кетликнинг жуфт тўғирланиши.


Тақосланаётган кетма-кетликнинг тўлиқсиз гомологияси ҳам натижа бўлиши мумкин: 1) GeneBank депонировать қилинган кетма-кетликлар хато бўлиши мумкин (Sbjct); 2) тур ичидаги ўзгарувчанлик.