Mundarija: Kirish i-bob. Filogenetik daraxtni yaratish

1.3. Daraxtlarni tuzishda molekulyar maʼlumotlardan foydalanish

Filogenetik tahlilni butunlay oʻzgartirib yuborgan va oʻzgartirayotgan usul DNK ketma-ketligini aniqlashdir. Bu usulda daraxtlarni tuzishda organizmlarning jismoniy yoki xulq-atvor belgilariga emas, balki ularning ortologik (evolyutsion jihatdan bogʻliq) gen yoki oqsillarining ketma-ketligidan foydalaniladi.
Bu usulning asosiy prinsipi oldin koʻrib chiqqan usulimizga oʻxshash: ajdod DNK yoki oqsillar ketma-ketligi boʻlib, evolyutsiya davomida u oʻzgarishga uchraydi. Ammo gen yoki oqsil ikkala holatda mavjud boʻlgan bitta belgiga mos tushmaydi. Aksincha, gendagi har bir nukleotid yoki oqsildagi har bir aminokislotaning mutatsiya natijasida oʻzgarishi yangi belgi hisoblanadi.
Shunday qilib, 300300300 nukleotiddan tuzilgan genning 444 xil holatdagi 300300300 oʻzgarishi kuzatilishi mumkin. Ketma-ketliklarni solishtirish bizga nafaqat jismoniy belgilarni solishtirishdan koʻra koʻproq maʼlumot, balki filogenetik daraxtni tuzishda juda katta aniqlik ham beradi.
Biologlar turlarning ketma-ketliklarini aniqlab, soʻngra olingan maʼlumotlarni tahlil qilish va ehtimoli eng yuqori boʻlgan filogenetik daraxtni tuzishda odatda kompyuter dasturlari va statistik algoritmlardan foydalanadi. Umuman olganda, turlarning gen yoki oqsil ketma-ketligini solishtirganimizda:

• 
  Farqlar qanchalik katta boʻlsa, turlar shunchalik uzoq qarindosh boʻladi
  
• 
  Farqlar qanchalik kam boʻlsa, turlar shunchalik yaqin qarindosh boʻladi
  

Misol uchun, deylik, odam va boshqa bir nechta turlar gemoglobinining (kislorod tashuvchi qon oqsili) beta zanjirini solishtirib koʻramiz. Agar odam va gorilla oqsilini taqqoslasak, faqat 111 ta aminokislotada farq topiladi. Odam va it oqsillari orasida 151515 ta farq, odam va tovuq oqsillari orasida 454545 ta aminokislota farqi, odam va minoga (jagʻsiz baliq) orasida esa 127127127 ta farq aniqlanadi^11start superscript, 1, end superscript. Yuqorida berilgan maʼlumotlarga asoslangan holda aytish mumkinki, odamga eng yaqin tur gorilla, eng uzogʻi esa minogadir.