Кимёда компьютер моделлаштириш нима

8.Парметрлашда О атомлари нечта ҳил рақам билан рақамланган. Номерлашни асосланг.
Kislorod atomi uchun 7 xil,
9.Парметрлашда N атомлари нечта ҳил рақам билан рақамланган. Номерлашни асосланг.
N atomi uchun 10 xil raqamlash kiritilgan.
10.Параметрлашда Н атомлари нечта хил рақам билан рақамланган. Ушбу рақамланишни кимёгар сифатида асосланг.
H atomi uchun 6 xil raqamlash kiritilgan.
20. MAKROMOLEKULALARNI HISOBLASHQA QO’LLANILADIGAN MM USULLARI
BIO+ kuch maydoni CHARM kuch maydonining rivojlantirilgani bb makromolekulalarni modellash un yaratilgan bio+ kuch maydonining parametrlari asosan aminokislotalarni modellash uchun yaroqli. Parametrlashtirish ikkita imkoniyatidan birini select parameter set punkti yordamida tanlash m.n
BIO+ kuch maydonining potensial funksiyalarining analitik ko’rinishi AMBER kuch maydoninikiga o’xshash uning o’ziga xosligi shundaki bo’linmagan electron juftlarni hisoblamaydi va vodorod bog’iga javob beradigan had yo’q. bu kamchiliklar keyinchalik mualliflar tomonidan b artaraf etildi.
21.EMPIRIK USULLARNING AFZALLIK VA KAMCHLIKLARI
Molekulyar mexanika nazariyalari o’tgan asrning 60-chi yillarida T. Xill va
A.I. Kitaygorodskiylar tomonidan yaratilgan. Molekulyar mexanika termini 1958
yilda L. Bartell tomonidan taklif qilingan. Birinchi molekulyar mexanika tipidagi
hisoblashlarni amalga oshiruvchi programma K.B. Viberg (K.B. Wiberg)
tomonidan 1965 yilda ishlab chiqilgan. 1976 yilda N.L. Ellinjer (N.L. Allinger)
MM1 usulini, 1977 yilda esa MM2 usulini taklif qildi.
Molekulyar mexanika (MM) usullarida atomlar kuch maydonlarida
joylashgan N’yuton zarrachalari deb qaraladi. Ularning o’zaro ta’siri potensial
energiya bilan ifodalanadi.
MM usuli kvant-kimyoviy usullarga nisbatan juda tezkor usul sanaladi.
Lekin, aniqligi yarim empirik va noempirik usullarnikiga nisbatan past. MM
usullarida N, O kabi atomlaridagi bog’lanmagan elektron juft ta’sirlashuvlari to’liq
inobatga olinmagan. Tautomerlar, konformerlar va boshqa birikmalarning umumiy
energiyasi hisobida tajriba bilan mos tushadigan ma’lumotlar olingan.
Ayrim MM usullari atom zaryadlari va hosil bo’lish issiqligini hisoblashga
parametrlangan. Keyingi vaqtlarda MM usulining tezkorligi asosida kvant-kimyo va MM usullari birlashtirgan, gibrid usullar (QM/MM) yaratish ustida izlanishlar olib fd
borilmoqda. Bunga misol qilib Morokumaning ONIOM usulini misol qilib
keltirish mumkin.
22.METALLORGANIK BIRIKMALARNI MODELLASHTIRISHDA QO’LLANILADIGAN MM USULLARI
Metallorganik birikmalar kichik molekulali birikmalar bo’lib hisoblanadi. Bunday molekulalar uchun quyidagi MM usullari mavjud
MM2 MM3 MM4 Tinker Momec Cosmos GAFF
Bundan tashqari universal usullar ham mavjud
Tripos MMFF UFF
23.empirik usullar aniqligini qanday baholash mumkin.
26. HISOBLASH NATIJALARINI BAHOLASH USULLARI. XATOLIK TURLARI VA KORRELYATSIYA KOEFFITSIYENTI.
Hisoblash programmalarida dastlabki birikmalarning va reaksiya
maxsulotlarining geometriyalarini kiritish orqali mazkur reaksiyaning o’tish
holatini topish mumkin. Ammo, shuni ta’kidlab o’tish kerakki, nazariy izlanishlar
kamida 3 marta avval boshidan takrorlanishi kerak va uchta holatda ham olingan
natijalar bir xil bo’lsa va tajribada olingan ma’lumotlarni inkor qilmasa
hisoblashlar qoniqarli bajarilgan bo’ladi. Reaksiyalarda hosil bo’lishi mumkin
bo’lgan birikmalarni oldindan o’rganish jarayonida, yani reaksiya mahsulotlarini
bashorat qilishda, ma’lum bo’lgan birikmalar uchun olingan natijalarga suyangan
holda nazariy izlanishlar o’tqaziladi va natijalar taqqoslanadi. Umuman olganda,
tajribada olingan ma’lumotlar hisoblash usullarini baholash uchun mezon
vazifasini o’taydi. Yana shuningdek, hisoblashlarni bir nechta yarim empirik
(AM1, PM3, RM1, PM6 va PM7) yoki noempirik usullarda (o’rta va katta basis
to’plamlarida) olib borish maqsadga muvofiqdir.
Ayrim hollarda, hisoblashlar faqat reaksiya mahsulotlarining energetik
xarakteristikalari bilan chegaralanishi mumkin. Masalan, termodinamik nazorat
bilan boradigan reaksiyalarda oxirgi hosil bo’lgan birikmalarning umumiy
energiyasi yoki hosil bo’lish issiqligi kattaliklari asosida, yana shuningdek
entalpiya o’zgarishini (ΔHr) aniqlash yordamida barqaror reaksiya mahsulotlarini
aniqlash mumkin. Reaksiyada entalpiya o’zgarishi quyidagicha topiladi:
ΔHr (kkal/mol)=ΣΔHf (Reaksiya mahsuloti) - ΣΔHf (Dastlabki birikmalar)
Birikmalarning hosil bo’lish issiqligi (Heat of formation - Hf, kkal/mol)
yarim empiric hisoblash usullarida to’g’ridan tog’ri hisoblash jarayonidaNazariy hisoblashlar amaliyot bilan mos kelgandagina o’z
ahamiyatiga ega. Kimyoviy birikmalarning fizik-kimyoviy parametrlarini –
ionlanish potensiali, elektronga moyillik, xosil bo’lish issiqligi va boshqa
kattaliklarni kvant-kimyoviy usullar bilan aniqlashda modda geometriyasining
to’g’ri kiritilganligi muhim ahamiyat kasb etadi. O’rtacha (absolyut) xatolik (MAE-Mean Absolute Error) quyidagicha aniqlanadi:

fi-nazariy hisoblangan geometrik parametrlar, yi-RTT usulida aniqlangan
geometrik parametrlar
Siklik tuzilishli to’yingan uglevodorodlarning bog’ uzunligi, valent va torsion
burchaklarini aniqlashda eng kam xatolik RHF/6-31G(d,p) usuli bilan muqobillash
yordamida aniqlandi. Ammo, nazariy hisoblangan va tajribada aniqlangan
geometrik parametrlar orasidagi farqning (Δ = fi – yi) katta manfiy va musbat
qiymatlari o’rtacha xatolik qiymatini kamaytirishi mumkin. Shuning uchun,
hisoblashlarda eng katta xatolik (Lagest error) ham muhim ahamiyat kasb qiladi. Statistikada va ilmiy izlanishlarda keng qo’llaniladigan xatoliklarnihisoblash usullaridan yana biri – RMSE (RMSD). Root mean square error(deviation)- o’rtacha kvadratik xato yoki chetlashishni (cреднеквадратическое отклонение) xarakterlaydi. Nazariy va eksperimental xarakteristikalarning bir-biriga bog’likligini
hamda bironta usulning qanchalik darajada tajribada olingan natijalarni aks
ettirishini baholashda R2 miqdoriy bog’liklik koeffisienti qo’llaniladi. U
quyidagicha aniqlanadi:

27. CHEMWIN VA ISIS DRAW DASTURLARINING KIMYODA QO’LLANISHI

Бундан 25 йиллар олдин кимёгарлар бирикмаларнинг икки ўлчамли тузилиш формулаларини турли хил чизгичлар ёрдамида ҳосил қилишарди. ChemWindow ва IsisDraw каби дастурларнинг яратилиши кимёгарлар учун катта янгилик бўлди. Бугунги кунда ушбу дастурлар, кимёгарлар кундалик иш жараёнида жуда кўп фойдаланадиган дастурларга айланган. Бирикмаларнинг тузилиш формулаларини ва реакция тенгламаларини чиройли кўринишда ҳосил қилиш мумкин. Бундан ташқари, бирикмаларни номлаш (IsisDraw дастурида) мумкин, бирикмаларнинг масса жиҳатидан фоиз таркибини топиш мумкин. Шунингдек, дастурларда мураккаб тузилишли бирикмалар фазовий тузилишлари базалари мавжуд. Дастурлардаги ишчи ойна инструментлар панели ҳар ким хоҳишига кўра бойитилиши мумкин.
28.CHEMWIN VA ISIS DRAW VA AVAGADRO IMKONIYATLARINI JADVAL KO’RINISHIDA TAQQOSLANG
29.O’RGANILADIGAN BIRIKMANING FIZIK KIMYOVIY XARAKTERISTIKASINI QANDAY BASHORAT QILISH MUMKIN
Bugungi kunda kimyoviy
birikmalarning tuzilishini QSAR da sonli ifodaiashda kimyoviy
strukturalarning deskriptorlari deb ataluvchi kattalikiar ishlaiuadi.
Deskriptor — organik birikma stmkturasini xarakterlovchi
parametr bo‘lib, uning o‘ziga xos tomoni shundan iboratki, u
berilgan strukturaning o‘ziga xos tomonini ifodaiaydi. Umuman
olganda deskriptor kimyoviy birikmaning stmktur formiilasidan
hisoblanuvchi istalgan son ~ molekulyar massa, alohida tipdagi
(masaian gibridlangan) atomlar, bog‘lar yoki guiuhiar soni,
molekulyar hajm, atomlardagi xususiy zaryadlar va boshqalar
bo^lislii mumkin. QSAR da fiziologik faollikni bashoratiashda asosan strukturaning sterik, topologik p ‘ziga xosligi, elektron effektiar, liofilliklar asosidahisoblangan deskriptor ishlatiladi. QSAR da topologik deskriptorlar deb ataluvchi deskriptorlar muhim o‘rinni egallaydi. Strukturdeskriptorlar tekshiriladigan moddaning bionishon-molekula bilan bog‘lanish mustalikamligini babolashda katta ahamiyat kasb etadi. Elektron effektlar deskriptorlari birikmaning ionlanishi yoki qutblanishini ifodalaydi. Liofillik deskriptorlari birikmaning yoglarda erish xususiyatlarini baholashda, ya’ni dorivor moddaning hujayra membranasi va boshqa shu kabi biologik to ‘siqlardan o'tish xususiyatini baholash imkonini beradi.

30----------------

50.kimyoda qo’llaniladigan dasturlardagin fayl kengaytmalari yordamchi dasturlar