Muhandislik qilingan oqsil-oqsil kompleksining strukturasini aniqlash va termodinamik stabilizatsiyasi

Protein barqarorligi
0
Harorat
yuqori Tm bilan. Shu sababli, oqsillarning harorat barqarorligini taxmin qilish mumkin emas
ÿG° ning haroratga nisbatan chiziqli bo'lmagan funktsiyasining natijasi oqsildir
erish harorati past bo'lgan (Tm) xona haroratida oqsilga qaraganda barqarorroq bo'lishi mumkin
3.1.1 Elektrostatik o'zaro ta'sirlar
(Razvi va Scholtz 2006)
hidrofobik ta'sir (Freire 2001), konformatsion entropiya esa ochilgan holatni qo'llab-quvvatlaydi.
9
buklangan holatga elektrostatik va van der Vaals o'zaro ta'sirlari, vodorod bog'lari va
C2 m -1) (Atkins va de Paula 2006) va potentsial energiya deyarli ikki darajaga kamayadi.
Qarama-qarshi kuchlarning muvozanati ona davlatining barqarorligini belgilaydi. Muhim kuchlar
Biroq, suv kabi qutbli muhitda dielektrik doimiyning ta'siri katta (e = 78 J).
elektrostatik o'zaro ta'sirlar juda kuchli bo'lishi mumkin, hatto kovalent bog'lanishlarning mustahkamligini shubha ostiga qo'yadi.
denaturantlar bilan xona haroratida o'lchanadigan barqarorlik.
Zaryadlar orasidagi elektrostatik o'zaro ta'sir kuchiga teskari proportsionaldir
zaryadlar va muhitning dielektrik o'tkazuvchanligi orasidagi masofa. Ba'zi hollarda
qanday qilib tasvirlangan rasm
oqsillar sifatida farq qilishi mumkin
dan moslashtirilgan rasm
3.1-rasm sxemasi
turli barqarorlik
(Razvi va Scholtz 2006)
harorat funktsiyasi.
ÿG 
 
[kk
al
/
m
ol]
3.1 Kovalent bo'lmagan o'zaro ta'sirlar
1
Machine Translated by Google

---

Protein barqarorligi
elektrostatik o'zaro ta'sirlarni hisoblash bilan bog'liq bo'lgan dielektrik doimiyni taxmin qilishdir
qutblanishi mumkin. Atomlar orasidagi masofa ham muhim, atomlar qanchalik yaqin bo'lsa, shunchalik muhim
ularning atomlarida zaryadlar bo'ladi va ular dipol momentlarini bir-biriga nisbatan yo'naltirishga harakat qiladilar
oqsil, lekin tuz-ko'prik ko'milgan bo'lsa, u odatda funktsional sabablarga ko'ra muhim va u bo'ladi
ishtirok etuvchi guruhlar (Fersht 1999). Agar guruhda ba'zilarida elektronlar bo'lgan katta atomlar bo'lsa
kuchlar. Bu erda elektronlar pozitsiyasining o'zgarishi natijasida vaqtinchalik dipol paydo bo'ladi, bu esa natijani beradi
ikkinchi dipol hosil qiladi. Birinchi dipol yo'nalishini va kattaligini doimiy ravishda o'zgartirsa ham, ehtimol 10-16
soniya ichida, boshqa dipol uni kuzatib boradi (Atkins va
Ular doimiy yoki induktsiyalangan dipol momentlaridan kelib chiqadi va masofaga bog'liqdir
Zaryadlangan aminokislotalar ko'pincha oqsilning ta'siri ostida joylashgan
o'zaro ta'sirlar kichik, har biri taxminan 0,1-0,2 kkal/mol (Fersht 1999; Atkins va de Paula)
molekulaning barqarorligi (Fersht 1999).
atomlar bir-biriga tegmaguncha (van der Vaals radiusida) jozibador kuch kuchliroq bo'ladi.
kattaligi vakuum bilan solishtirganda va odatda bir necha kkal/mol qiymatini beradi (Dill 1990). Bu,
oqsil barqarorligi uchun, ehtimol, kichik (Barlow va Thornton 1983; Sali va boshq. 1991). Biroq, muddati
3.1.2 Van der Vaalsning o'zaro ta'siri
protein tarkibida. Bu qiymat juda katta farq qilishi mumkin, chunki ichki qism ikkalasidan iborat bo'lishi mumkin
guruhning elektron taqsimoti. Polar bo'lmagan guruhlar o'rtasidagi yagona o'zaro ta'sir orqali
yadrodan masofa elektronlar yadro tomonidan kamroq boshqariladi va ko'proq bo'ladi
oqsilning ichki qismidagi ko'pincha past dielektrik muhit tufayli kuchliroq bo'ladi. Muammo
ularning potentsial energiyasini minimallashtirish. Polar bo'lmagan guruh vaqtinchalik dipol momentiga ega bo'lishi mumkin
10
hal qiluvchi (Barlou va Tornton 1983). Zaryadlarni yadroga ko'mish energetik jihatdan noqulay
oltining teskari kuchi. Qutbli guruhlar qisman tufayli doimiy elektr dipol momentiga erishadilar
de Paula 2006). O'zaro ta'sirning kattaligi ikkalasining qutblanishiga bog'liq
qisman musbat va manfiy zaryadda. Dipol mavjud bo'lsa-da, u boshqa guruhni qutblashi mumkin
ona davlatida barqarorlashtiruvchi kuchlarning nozik muvozanatiga hatto kichik hissalar ham muhimdir.
Qutbli va qutbsiz guruhlar ishtirokidagi oÿzaro taÿsirlar van der Vaals oÿzaro taÿsiri orqali sodir boÿlishi mumkin.
2006) lekin ular juda ko'p va ular birgalikda umumiy ish uchun katta hissa qo'shadilar
oqsillardagi ion-juftlarning nisbatan past chastotasi bilan birgalikda ularning hissasi borligini ko'rsatadi
biopolimer va suv. e = 2 - 4 qiymati tez-tez ishlatiladi (Fersht 1999).
dispersiya yoki London shovqinlari; odatda ular van der Vaals bilan birga guruhlanadi
bu vaqtda kuchlar itaruvchi va juda kuchli bo'ladi. Van der Vaalsning kuchi
ion yoki dipoldan kelib chiqadigan yaqin atrofdagi elektr maydoniga javob.
Machine Translated by Google

---